沈默的苦恼也是百官的苦恼，因为在相位稳定后。徐阶终于腾出手来，开始刷新嘉靖朝浑浊不堪的吏治。
他首先开刀的自然是都察院。都察院御史职专纠劾百官，辩明冤枉，为反贪风纪之司，从成立的那天起，就是大明朝官僚体系的监督者。是朝廷对抗**，提高行政效率的不二法宝。
然而严党执政多年，早对都察院进行了数次清洗，将敢于直谏的正直之士或是罢官、或是流放，全换成自己的爪牙。将都察院变成了打击异己、保护自我的看门狗，使其监督纠察的作用荡然无存。许多不肯依附严党的能臣清官被都察院弹劾下台，而很多无德无能，贪婪成性的庸官赃官，却安然无恙，甚至得以高升。
所以徐阶的第一步，就是给左都御史胡植挪挪地方，倒也不愧，他。直接改任了大明朝最肥的差事，也是严世蕃一直盘踞的位置工部尚书。严党自然不甘心失败，在廷推时竭力反对，但徐阶已经是首辅。提前跟六部九卿打好招呼，尤其是在山西帮的支持下，取得了足足七成的支持票。将胡植踢出了都察院，并将右都御史李煮顺利的扶正。
徐阶这回是用对人了，那李煮虽然走进士，但靠带兵打仗以战功上位，生性嫉恶如仇、做事雷厉风行，绝对不怕得罪人。一上任，他便开始整治手下的御史队伍，立奏曰：“朝廷设风宪，所以重耳目之寄，严纪纲之任。近年以来，未尽得人，妄逞威福，是非到置，风纪废弛。臣请将阖院御史尽数开革;令各部院、各承宣布政使司重新保举，务要堂上官开具实行，移咨吏部，审察不谬，方可任用。其后有犯赃及不称职，举者同罪！”也就是说，将都察院一百多名御史全都解职，然后令中央地方各大员重新保举，且在任用后，如果出现犯赃或者不称职，举荐的人将同罪论处。
如此激进的方法，不要说嘉靖了，就连徐阶也不能答应，直接将其奏本枰回，命其重拟方案，并要求“缓一点”“轻一点”李煮修改后。又被打回。又修改、再打回。如是再三，他终于忍无可忍了，直接找到徐阶道：“这是最后的方案了，如果不答应，我就不干了
徐阶知道他说到做到，也不想打击他的积极性，终于同意了他最新方案设一年考核期，综合考量查实的弹劾数目，以及涉案官员的分量，为所有御史排定名次，前三分之一者，将移文吏部予以晋升，后三分之一者，将以不称职弹劾，绝不姑息。同时命各部院、各布政使司，举蕃合适人选。并将其表现，计入推荐者的考核中。
在徐阁老的努力下，这项仍很强硬的措施，终于获得了朱批，已经憋坏了的刘煮终于可以行动了。他将一干御史集结堂前，大声宣读了圣谕，黑着脸对手下一干人道：“我知道这样肯定会招人恨，也知道你们会恨我，但既然当了御史，就不能想着左右逢源，招人怕、惹人恨就对了！”说着重重一拍胸口道：“文官补飞禽、武官补猛兽，我们胸前却是的神兽解亨，解秀是什么？专触不直、不正、不法者！是人间正气的守护神，是奸邪小人的“鬼见愁。！太祖皇帝赋予我们纠察百官、风闻奏事而不论罪的权力，就是希望我们能像解秀一样，与贪赃枉法者势不两立，保大明政治清明！”
“无数前辈没有辜负太祖的期望，他们不畏强权、仗义死节，弹劾了无数巨贪蠢国者，为国除害的同时，也成全了自己百世流芳的美各，以至于人们一提起御史，便会肃然起敬，认为是忠臣、是清官！”说到这，他重重叹口气道：“但这二十年来，我们和光再尘、我们同流合污，甚至助纣为虐、为虎作张，我们玷污了自己的神圣，我们丧失了自己的尊严和传统，，你们扪心自问，大明朝立国二百年，可曾有哪一朝的御史。比我们还差劲？。
一席掷地有声的讲话，羞得众御史都低下了头，刘煮这才放缓了语气。道：“我也知道，原先严党执政，都察院也在他们手中，大伙儿有心杀贼、无力回天，”才人在屋檐下，不得不低头，这是时局使然，也不能全怪大家网说了两句让人宽心的，他又话锋一转道：“但现在压制言路的人走了，没有人录夺咱们说话的权力了，如果还奉行“百言百当、不如一默”甚至还给别人当枪使。那请你这就离开，本官会让你体面的转到别处任职;你要是选择留下来，就得遵守御史的本分，不然休怪本官无情。本官这里，只留志同道合的铁骨男儿”。
无论心中作何感想，众御史都齐声应和道：“愿与大人同志，复我御史美名！”“好”刘煮猛一挥手道：“众御史听令！”
“在！”
“自今日起，都察院全力纠察百官，凡大臣奸邪小人构党作威福乱政者！劾。凡百官猥耸贪冒坏安纪者，劾！凡学术不正，上书陈言变乱成宪，希进用者，劾！”
“是！”众御史被刘煮弄得热血沸腾。不少人当时就冲动了一种在大明朝愈发罕见的神圣感，竟重又尊生起来。
御史一冲动，百官就倒霉。想想吧，一百多个憋足了劲儿，比着赛着挑毛病、找麻烦的家伙，不分昼夜的盯着你，就是鸡蛋也要给你挑出骨头来。多让人不寒而栗啊。
在吏部的通力配合下，这场廉政风暴，终于实实在在的刮起来了，无数官员应声落马，其中不乏显赫一时的高官”
嘉靖四十一年六月，广东道御史郑洛，参奏大理寺卿万采贪赃;江西道御史林润弹劾仓场总督郗想卿贪赃;河南道御史陈克俭弹劾河南巡抚万虞尤贪赃，证据确凿，不容置辩，徐阶和袁姊共同票拟“革职闲住”获得嘉靖皇帝批准。
次月，兵部侍郎何鳌、刑部侍郎涂立、工部侍郎刘伯跃等十多员中央、地方大臣，又遭到弹劾。再次获得嘉靖皇帝批准。
又一月。有御史马安诠、胡应坤等人，弹劾严家父子不法事二十条。要求将其父子押回京城问斩”折子被内阁打回来，又通过司礼监的关系辗转送上去，终于还走到了嘉靖皇帝跟前，
嘉靖这次终于不批准了，他招来徐阶，不满道：“老严嵩已经致仕了。严世蕃也发配雷州，那些人还想怎样？非要斩草除根？怎么就这么不容人呢？”
徐阶却不紧不慢道：“皇上明鉴，您已经申明圣意，不许再弹劾严家父子，下官也反复下文强调，不可能有人不知，却还敢上书忤逆圣意，八成是别有所图。”
“难道不是有人为讨好你这个首相？”嘉靖冷哼一声道。
“严阁老是下官的老上司。下官对他老人家，是发自内心的尊敬，严阁老在时，下官会每日问安;严阁老致仕了，学生也经常导信。问候他老人家，恭祝他身体健康。寿比南山，这都是发自内心的”徐阶赶紧解释道：“如果有人想要讨好老臣，应该帮严阁老说好话才对谁要是以为落井下石能让老夫感激，那真是大错特错了。”
听了徐阶这话，嘉靖面上的寒意稍减，他知道这么一件事儿。在徐阶上位之后，他儿子徐播曾经对他说，父亲你受了那么多委屈，还让天下人多有误会，应该报复一下严家父子，好给自己正名。徐阶闻言勃然大怒，破口大骂道：“你这逆子难道不知？若无严阁老提携。我能得到今天的地位，要是再敢说对严阁老不利的话，我就打断你的腿！”
私下对儿子都是这种态度，面对别人如此，这些嘉靖都是知道的。所以他才觉着徐阶不是想整严嵩，而只是单纯的为了使朝廷重焕新貌。如是想过，嘉靖便不再追究徐阶的责任，吩咐道：“那两个，顶风作案的御史。要严加惩处。若是有背后的主使，同样严惩不贷，绝不能姑息。”说着苍凉的叹息道：“有道是衣不如新人不如故。严惟中伺候联三十年。该有个好下场啊”
“是，老臣明白了……”见老严嵩在圣心中的地位仍如此之高，徐阶心中凛然，只能恭声应下。
待徐阶退下后，嘉靖漠然坐在蒲团上，望着空荡荡的大殿，心里充满了孤独。他竟十分想念老严嵩，几十年的交情，甚至已经超越君臣的范畴，带着点朋友的意味。嘉靖已经习惯有严嵩陪伴，有严嵩服侍，现在那条熟悉的老狗不在了，皇帝莫名愕怅起来。
过了不知多久，陈洪轻手轻脚进来轻声道：“主子，到晚课时间了。”
嘉靖闻言点点头，陈洪便从香炉里提出那把小铜壶，伺候皇帝进了丹，本想告退，却不见嘉靖入定，便轻声问道：“主子有什么心事儿吗？”
过了一会儿，嘉靖缓缓问道：“严嵩最近过得怎样？”
陈洪闻言面露悲伤道：“回主子，很不好。严阁老离京返乡，沿途百姓知道了，纷纷赶来看笑话，处处指指点点，让他老人家非常尴尬。竟然一路遭骂，万般凄凉，无奈之下，只好命家人护送车辆在前面先走。自己则仅带着管家严年和一个小厮在身边伺候，三人雇一头驴骑着，缀在后面赶路，，结果一个半月的路程，走了将近三个月，严阁老支撑不住，走到南昌就病倒了，到现在还在那养病，没能返乡呢。”
嘉靖听了皱眉道：“严嵩是致仕，又不是罢官，那些人安敢如此对他？”
“唉，平，那此愚民知道什么。还不是别人一煽动，就跟着睁貌吗？”陈洪一脸忿忿道：“奴婢斗胆说一句，您该帮帮严阁老了，不然他真要被人欺负死了。”
“难道把他再请回来当首辅？”嘉靖缓缓摇头道：“算了，到了南昌应该好点了吧，他这些年就算对不起两京一十二省的百姓，却也给江西办了许多好事，那里的老百姓不会再伤他心了吧？”
“可朝廷还有很多人不死心，”陈洪小声道：“主子，奴才不是替严家说话，而是觉着他们太不像话了，什么都得内阁说了算，不把主子放在眼里”
嘉靖一下被戳到痛处，又一次沉默了，对于目前的状况，他确实感觉不爽，因为徐阶在当上前辅前后的表现，让他大跌眼镜当严嵩在时，身为次辅的徐阶对嘉靖一味柔顺奉承，抢着为他炼丹，挖空心思写青词，甚至比严嵩还体贴，在经济极端困难的情况下，为皇帝重修寝宫，以至于让皇帝觉着，有了这个松江人，没有严嵩也一样。
但当嘉靖真的赶跑了严嵩，把徐阶扶上前辅位置后，他发现这小个，子变了，他虽然仍披着柔顺的外衣，但老谋深算、极有主见，并可以娴熟的运用朝中大牙交错的势力。将各种力量拧到一块，成就自身的强大。这种强大是嘉靖皇帝也无可奈何的。
因为大明朝的政体如此，当年太祖皇帝废除统领百官、总理朝政的承相，目的是加强皇权，将天下威柄尽收皇帝;所以在废除宰相的同时。也将中央地方各权力机关分化制衡，使其没有独立决断的权力，必须仰仗皇帝的裁决。但事实证明。没有宰相的政府是万万不行的，因为省心独裁固然是好，可带来的工作强度。也是无比恐怖的，足以将皇帝这份人人羡慕的美差，变成天下首屈一指的苦差。就连他那血牛无比的儿子朱林，也无法承受，更不要说娇生惯养的后辈们了。
所以从朱林开始，历代皇帝为了不至于累死，都在偷偷摸摸干一件事。赋予内阁实质上的宰相权力。而且因为朱元障的后代，在能力代不如一代，只能不断的给内阁的权力加码，到了正德年间，内阁大学士酬这个在洪武年间，充其量只能算是皇帝秘书、参谋、文书的角色，已经跃升为实质上承相，到了嘉靖年间，宰相已经对大学生公认的尊称，甚至皇帝都不避讳以“首相、次相”来称呼自己的阁臣。
其对大明政治的影响，绝不是相权失而复得那么简单，因为当皇帝重新塑造出相权时，太祖皇帝对各部院分权制的恶果，便显现出来了一尚书督御史们的权力过根本不能与大学士抗衡，结果朱元障辛辛苦苦集中的权柄，成全了大学士的强大，其权柄超过宋朝，直追汉唐。他们门生故吏遍布朝中，威望极高一呼百应，皇帝要是没有正当理由撤换他们，没准就真成了孤家寡人。被百官群起攻之。
打破祖制的皇帝。吃尽了大学士们苦头。只好再打破一项祖制来弥补，那就是赋予太监们权力，让他们帮自己抗衡相权;但嘉靖皇帝有强大的自信，不喜欢太监干政，他坚信自己的权术足以维护权威;事实上，前四十年他干的确实不错。用张魂、方献夫、桂兽等人，斗倒了以顾命老臣自居，总想控制皇帝的杨廷和等前朝老臣;又用夏言斗倒了难容异己、睚眦必报的张媳等人;再用严嵩斗倒了网慢自用、不尊敬皇帝的夏言;又用徐阶斗倒了结党营私的严嵩。
归根结底，他的帝王术的核心就是制衡，具体方法就是帮弱不帮强，当某位首椎过于强大时，便是他帮着弱者将其消灭的时候。事实上。一百五十多年来，大臣们都能体面下野，安享晚年，只有嘉靖朝的权臣总不得善终。其根源就是皇帝这种权力之道。
当帮着徐阶斗倒了严嵩时。嘉靖同样为他准备了对手。次辅袁姊。
但这次皇帝看走眼了，因为袁沸的文章写得好，政治手腕也不差，确实是难得的人才，但碰上徐阶这位，奉陪严嵩十几年的超级高手，根本不是对手，被徐阶压制的死死的。
结果皇帝无奈的发现，现在已经没有人能制衡徐阶了，就像严嵩曾经呼风唤雨、总揽国政，徐阶也拥有了同样的权力。现在的徐阶，虽然还保持着对皇帝的有求必应。但他有什么法令要颁布、有什么人这要任用，嘉靖也不得不让步了。
郑重宣布，蝴蝶效应的积累，让历史在这里已经慢慢走上了另一条道路”